当小规模纳税人取得专用发票时，可视同取得普通发票，做相同的账务处理，按价税合计金额，即票面含税金额确认资产或成本费用。根据税法的相关规定，小规模纳税人的增值税使用简易征收法，按征收率纳税，同时不可抵扣进项税。
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增值税专用发票是企业可抵扣进项税的凭证，而根据税法的相关管理要求(如上)，小规模纳税人不可抵扣进项税，因此，无论小规模纳税人是否取得了专用发票，都不能抵扣进项税。
当小规模纳税人取得专用发票时，可视同取得普通发票，做相同的账务处理，按价税合计金额，即票面含税金额确认资产或成本费用。
举个例子来说明，如小规模纳税人取得采购货物的专用发票，发票不含税金额100元，税率13%，税额13元，价税合计金额113元。账务处理为:
借:库存商品 113
贷:银行存款或应付账款 113
由于该张发票不会进行认证抵扣，因此会在认证发票清单中形成长期滞留，可能会面临税局的询问，因此，小规模纳税人要妥善保存发票抵扣联，建议可以与记账联一并粘贴在记账凭证之后，以作备查。
2代开增值税专用发票怎么处理
1、自开普票有每个季度不含税9万的免税销售额，不超9万不用交增值税、地税附征
2、代开专票不享受季度9万免税额度，代开多少就按不含税3%预缴增值税，同时预缴增值税税额的7%城建税，3%教育费附加、2%地方教育费附加，综合税负大约%
如果当月即自开普票又代开专票，是分别计征，普票部分加专票部分不超过9万的时候，普票部分仍然享受9万免税优惠。
3、不管自开普票还是代开专票，企业所得税的计征都没有区别，扣除所有成本费用后的利润总额不超过30万的，按10%的优惠税率征收企业所得税。
4、印花税不用算，因为极低。
5、还有个人工资所得和红利所得个人所得税，这个百度可以搜的到。
3增值税专用发票可以抵扣的情况
根据《国家税务总局关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2015年第59号)的规定，纳税人自办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税的，其在此期间取得的增值税扣税凭证，可以在认定或登记为一般纳税人后抵扣进项税额。
这里需要注意三点:
一、取得增值税专用发票的期间为办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间。小规模纳税人取得营业执照尚未办理税务登记期间取得的增值税专用发票不可以抵扣。
二、办理税务登记至认定或登记为一般纳税人期间未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税。只要按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳过增值税，在此期间取得的增值税专用发票就不得抵扣。
三、如果小规模纳税人已经取得了生产经营收入却隐瞒收入，即使没有申报缴纳过增值税，取得的增值税专用发票也不得抵扣。